＜アウザーの屋敷深部＞
できること：リルムの加入、魔石ラクシュミの入手
出現ボス：チャダルヌーク
アウザーの屋敷の絵のたくさんある部屋で、花の絵などを調べるとモンスターと戦闘になる。倒すと深部への入り口が現れる。ちょっと不思議なこのダンジョンを突破すると、最深部にリルムとアウザー、そしてボス、チャダルヌークとの戦闘が待ち受けている。倒せばリルムが加入し、さらにアウザーの話通りに右上の棚を調べると魔石ラクシュミが入手できる。
チャダルヌークは女神時と死神時とで攻撃方法が変化する面倒な敵。基本的に攻撃は死神時にすること。女神時に攻撃すると『ポルターガイスト』などの反撃が痛い。弱点は聖または炎。
＜ゾゾ山＞
できること：カイエンの加入【ストームドラゴン出現場所】
出現ボス：ストームドラゴン
マランダに住む女性にやってくる手紙を読むと、文面からカイエンのものと判明できる。手紙を鳥に渡すと飛び立つので飛空挺で後を追うと、ゾゾにやってくる。ゾゾで唯一ウソを話さない男からサビトレールを貰い、男の言うとおりにパブの看板のある建物の屋上の扉をサビトレールであけて進む。ゾゾ山ではストールンベアのギル盗みが厄介だが、最深部にはカイエンがおり、会話後に仲間になってくれる。
ストームドラゴンは最深部に向かう途中のスイッチを押すとセーブポイントと共に現れる。部屋中を高速で移動し始めるので意図せずにぶつかってしまう事もある。かなり強いドラゴンで、致命的ダメージの『ウイング』を防ぐためにゴーレムを呼んでおくといい。素早さが高いうえ全体攻撃が多いので弱点の雷属性主体で速攻倒してしまおう。
＜獣ヶ原＞
できること：ガウの加入
パーティを３人にしてからかつてガウを仲間にした時のように獣ヶ原をうろうろし、ガウが現れればそのまま仲間になってくれる。ガウマニアならば早めに仲間にしておきたいところ。
＜獣ヶ原の洞窟＞
できること：シャドウを仲間にするためのイベント
出現ボス：キングベヒーモス→キングベヒーモス（アンデッド）
獣ヶ原にある洞窟に入り、盗賊三人の話している場所からさらに奥を目指すとインターセプターと倒れているシャドウがいる。話しかけるとキングベヒーモスとの戦闘後、自動的にサマサへ行く事に。しかしサマサから出るといなくなってしまう。ちなみにシャドウを死亡させている（魔大陸崩壊時にシャドウを待たずに脱出している）とシャドウの代わりにリルムが倒れており、やはり戦闘後サマサに移動する。どちらの場合も仲間になるわけではないので注意。
キングベヒーモスは弱点の毒または炎で攻撃していく。『メテオ』などの魔法攻撃も怖いが、物理攻撃力も高いので注意。倒すと一度は戦闘終了するが再び背後からアンデッドと化したキングベヒーモスにバックアタックされる。『催眠ガス』を使ってからの『メテオ』といやらしい攻撃をするが、アンデッドキングベヒーモスは聖水及びフェニックスの尾があれば一撃で倒せる。
＜竜の首コロシアム＞
できること：シャドウの加入（魔大陸崩壊時にシャドウを見捨てていない時のみ）
アイテムの一撃の刃をかけるとシャドウが現れ、倒せば仲間になってくれる。一撃の刃は獣ヶ原の洞窟で拾えるほか、ニンジャやインビンシブルをラグナロックでメタモルフォーゼさせると入手できる。
＜ナルシェ炭鉱＞
できること：モグとウーマロの加入（崩壊前にモグを仲間にしていた場合のみ）
出現ボス：ヴァリガルマンダ、雪男【フリーズドラゴン出現場所】
崩壊前のモーグリたちの巣穴に行くとモグが一人で待っている。話せばすぐに加入し、さらにモグを連れた状態で氷付けの幻獣であるヴァリガルマンダを倒した先にあるウーマロの洞窟で雪男を倒せばウーマロも加入するのだ。また、モグの立っていた場所を調べるとモグ専用装備ながらエンカウントゼロになるモルルのお守りが発見できる。
ヴァリガルマンダと雪男及びフリーズドラゴンは氷属性の魔法を主体として使ってくる。火属性が弱点なのでファイア系のほか、ガウがイオで暴れ、「フレアスター」が飛び出せばLvによっては9999ダメージを与える事も可能。
＜フェニックスの洞窟＞
できること：ロックの加入、魔石フェニックスの入手【レッドドラゴン出現場所】
出現ボス：レッドドラゴン
ツェンやアルブルグのある大陸の北側にある星型の山に囲まれた中央に飛空挺で降りる。フェニックスの洞窟では２パーティを別々に操作することになるので、装備や準備は万全に。ボスはレッドドラゴンしかいないので、モグが仲間にいるならば片方はモルルのお守りだけを装備させたモグ一人でもいい。
レッドドラゴンは魔法防御力を上げてからセオリー通りに冷気属性の攻撃が有効。ある程度Lvが高いパーティなら比較的楽に倒せる。ガウを使うなら「吹雪」を使うカムイなどがオススメ。
＜モブリズ＞
できること：ティナの加入
出現ボス：フンババ
飛空挺入手前にもう戦う事はできない、と別れてしまったティナに再び会いに行く。ディーンとカタリナの間に子供ができたという変化を聞いていると、再びあのフンババがモブリズに襲い掛かってくる。イベント後、ティナは戦う事を決意。共にフンババと戦いに挑む。
フンババは一回目とほとんど戦闘方法は変わらず、『はりせんぼん』や『みぞおち』もここまでLvの上がったパーティならば比較的楽になっているはず。一定ダメージを与えると『フンババブレス』を使い一人を吹き飛ばしてしまう。その後、ティナが加入して決着をつける。
＜狂信者の塔＞
できること：ストラゴスの加入【ホーリードラゴン出現場所】
出現ボス：マジックマスター、ホーリードラゴン
ここに来る前に人数分のリフレクトリングかモグを仲間にしてのモルルのお守りを装備させておくことと、一人でもリレイズ（アルテマもあればなおよい）を覚えておくことが必須。ホーリードラゴンをも狙うならリフレクトリングが必須になる。延々と階段をのぼり続けて最上階でマジックマスターと戦闘、その後ストラゴスが加入する。ちなみにホーリードラゴンは塔の途中の小部屋にいる。
マジックマスターはバリアチェンジで弱点を変えまくるのでアルテマで速攻勝負が望ましい。先にリレイズをかけておかないと死ぬ間際に放つアルテマで恐らく全滅してしまうので注意。リレイズがかかっていれば即復活して勝利できる。
ホーリードラゴンは戦闘方法がホーリーまたはデスペルしかしないうえに聖属性は吸収しないのでリフレクトリングをつけておけばほぼ一方的な戦闘ができる。速攻勝負したいならばフレアやアルテマ、ドリルやネコキックもいいだろう。
＜三角島洞窟＞
できること：ゴゴの加入
世界地図の北東の端にある三角島にはゾーンイーターというモンスターが出現する。このモンスターに全員が『吸い込む』されると三角島のダンジョンに行く事ができる。アクションテクも必要とされるこのダンジョンの最深部にはゴゴがいる。
＜古代城＞
できること：魔石オーディン、及びライディーンの入手【ブルードラゴン出現場所】
出現ボス：ブルードラゴン
フィガロ城を移動させると機関士が「何か引っかかる」と城を停止させるポイントがある。そこで一旦城を停め、右奥の牢屋から出ると古代城への洞窟に入れる。一本道を進んでいくと古代城の前に出る。ここにはブルードラゴンがいるほか、魔石オーディンと、オーディンを強化した魔石ライディーンがある。オーディンは自動的に入手できる。ライディーンの入手方法は以下の通り。
１．王女の部屋の日記にある通り、右側の玉座の前から下方向に五歩歩いた場所を調べる。
２．作動音がしたら王女の部屋に行くと右下に階段ができている。
３．ブルードラゴンのいるフロア上部に石化した王女がいる。オーディンを持った状態で調べるとライディーンに変化。
ブルードラゴンはやはり水属性の反対攻撃である雷属性を主体で戦えばいい。水を吸収する防具があればなおよい。
＜カイエンの夢の中＞
できること：魔石アレクサンダーの入手
崩壊後ドマ城のベッドのある個室でカイエンを連れて一泊すると、カイエンの夢の中に入ることができる。不思議な繋がりのこのダンジョンには夢の三兄弟と名乗るレーヴ、ソーニョ、スエーニョが、そして夢の最深部にはアレクソウルとソウルセイバーがボスとして待ち構えている。アレクソウルを倒せば魔石アレクサンダーが入手できる。
レーヴ、ソーニョ、スエーニョはそれぞれが弱点が異なり、三人揃っていると『デルタアタック』を使う。水または氷が弱点のレーヴは『アレイズ』を使うので優先して倒すべき。ウィークメーカーがあれば弱点を増やせるので楽に戦える。
アレクソウルはソウルセイバーが『フューリー』で味方に取り付いて戦闘不能にしない限り姿を現さない。一人を犠牲にして弱点の氷属性で集中攻撃する方法がいい。ソウルセイバーは不死身なので無駄に攻撃しないこと。
＜エボシ岩の洞窟＞
できること：最強のおぼえたわざ『グランドトライン』の修得
出現ボス：ヒドゥン＆エレボス
条件：世界崩壊後、ストラゴスを仲間にしている状態でサマサの村でエボシ岩の情報を聞く。話を聞くまでは入り口が現れないので注意。
内部ではサンゴを食べたがる宝箱にサンゴを集めてきて食べさせ、道をあけてもらうとボス：ヒドゥン＆エレボスが現れる。エレボスを先に倒すと『グランドトライン』を使うのでストラゴスに覚えさせよう。
ヒドゥン＆エレボスはまずエレボスを全滅させるべく、アルテマなどを駆使する。左端のエレボスはリフレク状態なので無属性魔法が一番いい。『グランドトライン』を使われる前に倒してしまうことも可能。弱点は地、聖、炎。
＜オペラ劇場＞
できること：【アースドラゴン出現場所】
出現ボス：アースドラゴン
事前に人数分の「天使の羽根」を購入、装備させておく。オペラ劇場に入ると舞台にドラゴンが居座ってしまって困っている話が聞ける。かつてオペラ劇場で奮闘した時にも行った右上にある舞台操作スイッチ部屋で、左から三つ目のスイッチを押せば舞台に降りることができる。即アースドラゴン戦になるので注意。
アースドラゴン戦はまずゴーレムを使い致命的ダメージの『鋭い牙』を防ぐ。その他の『クエイク』『重力５０』などは天使の羽根とレビテト効果で無効化できる。準備を整えてから落ち着いて弱点の水と風属性を突いていけば安全に倒せるはず。
＜孤島＞
できること：魔石ケーツハリーの入手
ある程度ゲームを進めてからシドのいる（または死んだ）孤島に行くと、海岸に魔石ケーツハリーがある。
＜空＞
できること：魔石バハムートの入手
出現ボス：デスゲイズ
飛空挺で空を飛びまわっていると時折出現するデスゲイズはある程度攻撃すると逃走してしまうが、ダメージが蓄積していくボスなので何度も出現させて攻撃していくことで倒すことができる。注意としては飛空挺を入手した時点から出現するようになるのでまだ育っていないパーティでは太刀打ちできないこと。初めのうちは飛空挺に乗る前にセーブするのがオススメ。
デスゲイズはデス系魔法の他にエアロガなども使用する。かなり強いので初めのうちは出会ったらゲームオーバー覚悟で。とにかくダメージの大きい攻撃を連発するのが短期決戦のススメ。聖属性及び炎属性が弱点なのも頭に入れて、いまある最大威力の攻撃を惜しまず使うこと。夢幻闘舞のコマンドが苦手とか言わず、こういう場面で使ってみよう。
＜ラストダンジョン＞
できること：【イエロードラゴン出現場所】【スカルドラゴン出現場所】→魔石ジハードの入手
出現ボス：イエロードラゴン、スカルドラゴン
ラストダンジョン攻略中に会うことになる最後の二匹のドラゴン。
イエロードラゴンは弱点の水属性が魔法としても存在しないのでバニシュ→デスが一番楽で確実。いや、裏技なんか使わんという人は雷属性を吸収する防具を装備してからガウはエヌオーなどで暴れての「大海衝」、おぼえたわざの「アクアブレス」も効果的。またすいとんを投げるのも有効。
スカルドラゴンもやはりそのままラストボス戦に行くならばバニシュデスがいいが、あえて相手にするならばデス系とステータス異常系に注意して炎及び聖属性で攻撃していくこと。MPがゼロになっても倒せるのでアスピルを使うのもいい。
最後のドラゴンを倒した時点で魔石ジハードが入手できる。
(情報提供者：かりうさん)